ответ UrOpora.ru
Ст. 407 Налогового кодекса говорит о том, что налоговая льгота предоставляется в отношении одного объекта налогообложения каждого вида по выбору налогоплательщика. Думаю, что вам целесообразнее оформить льготы как раз на квартиру (она больше по площади, значит, за нее больше и начисляется налог), а за комнату платить как обычно.